ความลี้ลับของเขาพระวิหารนั้นมีมากมายเพราะ มีความเกี่ยวข้องกับชนหลายเผ่าพันธุ์ และหลายคติความเชื่อ ซึ่งในอดีตนั้น เทือกเขาพนมดงรักเป็นสถานที่ติดต่อสัมพันธ์กันระหว่างที่ราบสูงโคราชกับที่ราบเขมรต่ำ การสถาปนาปราสาทพระวิหารเป็นแหล่งศักดิ์สิทธิ์ตามความเชื่อของคนท้องถิ่นและผู้นับถือศาสนาฮินดูมีขึ้นในรัชสมัยพระเจ้าชัยวรมันที่ 2
ตามจารึกศิวะสักติ พระเจ้าชัยวรมันที่ 2 ทรงกำหนดหลายพื้นที่บริเวณเขาพระวิหารเป็นพื้นที่ศักดิ์สิทธิ์ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ภวาลัยแห่งเขาพระวิหาร เป็นเขตของเจ้าพื้นเมืองของตระกูลพระนางกัมพูชาลักษมี พระมเหสีของพระองค์ ถือเป็นจุดเริ่มต้นของการสร้างศาสนสถานบนเขาพระวิหาร ต่อมา พระเจ้าสุริยวรมันที่ 1 โปรดให้สถาปนาพระภัทเรศวรแห่งลิงคปุระไว้ ณ ยอดเขาพระวิหารด้วย อันเป็นการให้ความสำคัญแก่เขาพระวิหารในฐานะภูเขาศักดิ์สิทธิ์ที่สิงสถิตของบรรพบุรุษของชนชาติจามและขอม
นอกจากนี้ ยังทรงทำให้ปราสาทเป็นศูนย์กลางแห่งความเชื่อ พิธีกรรมเกี่ยวกับบรรพบุรุษ และประเพณีสักการบูชาอันพ้องกับเทศกาลของเกษตรกร ความนิยมในการประกอบพิธีกรรมที่ปราสาทพระวิหารนำไปสู่การขยายตัวของชุมชนใกล้เคียง ตามจารึกกล่าวไว้ว่าพระองค์ส่ง "ทิวากรบัณฑิต" มาบวงสรวงพระศิวะทุกปี นอกจากนี้ยังมีชุมชนโดยรอบที่พระมหากษัตริย์ทรงอุทิศไว้ให้รับใช้เทวสถาน ชุมชนที่มีชื่อในจารึกอย่างเช่น กุรุเกษตร, พะนุรทะนง เป็นต้น ต่อมาปราสาทพระวิหารได้กลายเป็นแหล่งจาริกแสวงบุญสำคัญในรัชสมัยพระเจ้าสุริยวรมันที่ 2 ตาม เอกสารประวัติกัมพุพงศ์ และองค์กรแห่งพระราชการ พร้อมทั้งพระประวัติของพระเจ้าแผ่นดินองค์อื่น
และนี่คือตำนานเรื่องลี้ลับของเขาพระวิหารในอดีตกาลที่เป็นเรื่องเล่าสืบทอดกันมารุ่นสู่รุ่น จนมาถึงปัจจุบันนี้หากใครได้มีโอกาสไปเที่ยวชมที่นี่ นอกจากจะได้อิ่มกับบรรยากาศโบราณสถานที่เก่าแก่อย่างสมบูรณ์แล้ว เชื่อว่าอีกสิ่งหนึ่งที่ทุกคนต้องรู้สึกและสามารถสัมผัสได้นั่นคือความศักดิ์สิทธิ์ของสถานที่แห่งนี้....แม้ตอนนี้การพิพากคดีเขาพระวิหารกับการขึ้นทะเบียนเป็นมรดกโลกที่กำลังตัดสินกันอยู่ ไม่ว่าดินแดนอันศักสิทธิ์นี้จะตกไปอยู่ในประเทศใด แต่ความลี้ลับตำนานที่มีมายาวนานของปราสาทเขาพระวิหารนี้ยังคงอยู่สืบไปนานเท่านาน
