ศาลทหาร มีข้อบัญญัติอยู่ในพระราชบัญญัติธรรมนูญศาลทหาร พ.ศ. 2498สังกัดอยู่ในกระทรวงกลาโหม โดยมีรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมเป็นผู้รับผิดชอบในงานธุรการของศาลทหารให้ดำเนินไปโดยเรียบร้อย
แต่การพิจารณาคดีตลอดถึงการที่จะมีคำสั่งหรือคำพิพากษาบังคับคดีนั้น ให้อยู่ในดุลพินิจของศาลทหารโดยเฉพาะ โดยอนุมัติรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม ให้เจ้ากรมพระธรรมนูญวางระเบียบราชการของศาลทหารและอัยการทหารเพื่อให้กิจการของศาลทหารและอัยการทหารดำเนินไปโดยเรียบร้อย
ศาลทหารตามพระราชบัญญัตินี้แบ่งออกเป็นสามชั้น คือ
1.ศาลทหารชั้นต้นได้แก่ – ศาลจังหวัดทหาร – ศาลมณฑลทหาร – ศาลทหารกรุงเทพ-ศาลประจำหน่วยทหาร
2. ศาลทหารกลาง
3.ศาลทหารสูงสุด
**ภายใต้บังคับมาตรา39 ในเวลาที่มีการรบหรือการสงคราม หรือประกาศใช้กฎอัยการศึก จะให้มีศาลอาญาศึกก็ได้
ทุกจังหวัดทหารให้มีศาลจังหวัดทหารศาลหนึ่ง เว้นแต่จังหวัดทหารที่ตั้งกองบัญชาการมณฑลทหาร และทุกมณฑลทหารให้มีศาลมณฑลทหารศาลหนึ่ง เว้นแต่มณฑลทหารที่ตั้งศาลทหารกรุงเทพ
ศาลทหารเหล่านี้อาจไปนั่งพิจารณา ณ ที่ใดภายในเขตอำนาจได้ตามความจำเป็น
อำนาจศาลทหาร
ศาลทหารมีอำนาจพิจารณาพิพากษาวางบทลงโทษผู้กระทำผิดต่อกฎหมายทหารหรือกฎหมายอื่นในทางอาญา ในคดีซึ่งผู้กระทำผิดเป็นบุคคลที่อยู่ในอำนาจศาลทหารในขณะกระทำผิด และมีอำนาจสั่งลงโทษบุคคลใด ๆ ที่กระทำผิดฐานละเมิดอำนาจศาลตามที่บัญญัติไว้ในประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความแพ่ง
คดีที่ไม่อยู่ในอำนาจศาลทหาร คือ
1.คดีที่บุคคลที่อยู่ในอำนาจศาลทหารกับบุคคลที่มิได้อยู่ในอำนาจศาลทหารกระทำผิดด้วยกัน
2.คดีที่เกี่ยวพันกับคดีที่อยู่ในอำนาจศาลพลเรือน
3.คดีที่ต้องดำเนินในศาลคดีเด็กและเยาวชน
4.คดีที่ศาลทหารเห็นว่าไม่อยู่ในอำนาจศาลทหาร
คดีที่ไม่อยู่ในอำนาจศาลทหาร ให้ดำเนินคดีในศาลพลเรือน เมื่อศาลพลเรือนได้สั่งรับประทับฟ้องไว้แล้ว แม้จะปรากฏตามทางพิจารณาในภายหลังว่าเป็นคดีที่อยู่ในอำนาจศาลทหาร ก็ให้ศาลพลเรือนมีอำนาจพิจารณาพิพากษาได้
เขตอำนาจศาลทหาร
บุคคลที่อยู่ในอำนาจศาลทหาร คือ
1.นายทหารชั้นสัญญาบัตรประจำการ
2.นายทหารชั้นสัญญาบัตรนอกประจำการ เฉพาะเมื่อกระทำผิดต่อคำสั่งหรือข้อบังคับตามประมวลกฎหมายอาญาทหาร
3.นายทหารประทวนและพลทหารกองประจำการหรือประจำการ หรือบุคคลที่รับราชการทหารตามกฎหมายว่าด้วยการรับราชการทหาร
4.นักเรียนทหารตามที่กระทรวงกลาโหมกำหนด
5.ทหารกองเกินที่ถูกเข้ากองประจำการ ซึ่งเจ้าหน้าที่ฝ่ายทหารได้รับตัวไว้เพื่อให้เข้ารับราชการประจำอยู่ในหน่วยทหาร
6.พลเรือนที่สังกัดอยู่ในราชการทหาร เมื่อกระทำผิดในหน้าที่ราชการทหารหรือกระทำผิดอย่างอื่นเฉพาะใน หรือบริเวณ อาคาร ที่ตั้งหน่วยทหาร ที่พักร้อน พักแรม เรือ อากาศยาน หรือยานพาหนะใด ๆ ในควบคุมของเจ้าหน้าที่ฝ่ายทหาร
7.บุคคลซึ่งต้องขังหรืออยู่ในความควบคุมของเจ้าหน้าที่ฝ่ายทหารโดยชอบด้วยกฎหมาย
8.ชลยศึกหรือชนชาติศัตรูซึ่งอยู่ในความควบคุมของเจ้าหน้าที่ฝ่ายทหาร
ศาลทหารในเวลาไม่ปกติ
ในเวลาไม่ปกติ คือ ในเวลาที่มีการรบหรือสถานะสงครามหรือได้ประกาศใช้กฎอัยการศึก ศาลทหารซึ่งมีอยู่แล้วในเวลาปกติคงพิจารณาพิพากษาคดีอาญาได้ตามอำนาจ แต่ถ้าผู้มีอำนาจประกาศใช้กฎอัยการศึกได้ประกาศหรือผู้บัญชาการทหารสูงสุดได้สั่งตามกฎหมายว่าด้วยกฎอัยการศึก ให้ศาลทหารมีอำนาจพิจารณาพิพากษาคดีอาญาใด ๆ อีก ก็ให้ศาลทหารพิจารณาพิพากษาคดีอาญาตามประกาศหรือคำสั่งนั้นได้ด้วย
เมื่อหมดภาวะการรบหรือสถานะสงครามหรือเลิกใช้กฎอัยการศึก ศาลทหารยังคงมีอำนาจพิจารณาพิพากษาคดีที่ค้างอยู่ในศาลหรือที่ยังมิได้ฟ้อง แต่ผู้มีอำนาจแต่งตั้งตุลาการหรือรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมมีอำนาจสั่งโอนคดีหรือส่งผู้ต้องหาไปดำเนินคดียังศาลทหารแห่งอื่นได้ และให้ศาลที่พิจารณาพิพากษาคดีเช่นนี้มีอำนาจและหน้าที่ดังศาลทหารในเวลาไม่ปกติ
วิธีพิจารณาความอาญาทหาร
วิธีพิจารณาความอาญาทหาร ให้นำกฎหมาย กฎและข้อบังคับซึ่งออกตามกฎหมายฝ่ายทหารมาใช้บังคับ ถ้าไม่มีกฎหมาย กฎและข้อบังคับฝ่ายทหารก็ให้นำประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญามาใช้บังคับโดยอนุโลม ถ้าวิธีพิจารณาข้อใดซึ่งประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญามิได้บัญญัติไว้โดยเฉพาะให้นำบทบัญญัติแห่งประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความแพ่งมาใช้บังคับเท่าที่จะใช้ได้
